Генерал-полковник Шаманов - участник обеих чеченских войн, "мясник" и "проклятие чеченского народа" (по выражению Асланбека Аслаханова). В ходе второй чеченской войны имя Шаманова, командовавшего группировкой федеральных сил "Запад", стало символом массовых и грубых нарушений прав человека.

В самом начале конфликта, еще 25 сентября 1999 года, он пытался воспрепятствовать выходу гражданского населения из зоны боевых действий. Широкую известность получили преступления, совершенные в "зоне ответственности" Шаманова, - такие, как обстрел с воздуха колонны беженцев у села Шаами-Юрт 29 октября 1999 года, убийства жителей села Алхан-Юрт в начале декабря 1999 года, обстрел и бомбардировка мирных жителей в объявленном "зоной безопасности" селе Катыр-Юрт 4 февраля 2000 года.

27 марта 2000 года подчиненный Шаманова, командир 160-го танкового полка полковник Юрий Буданов в селении Танги-Чу незаконно арестовал, а затем убил чеченскую девушку Эльзу Кунгаеву. В июле 2003 года он был приговорен к десяти годам лишения свободы. В ходе процесса Шаманов неоднократно выступал в защиту "талантливого командира" и "честного гражданина" Юрия Буданова, а затем ходатайствовал о его освобождении.

В 2000-е годы Шаманов был губернатором Ульяновской области, помощником премьер-министра, советником министра обороны и начальником главного управления боевой подготовки и службы войск вооруженных сил России. Во время войны с Грузией в 2008 году командовал военной группировкой в Абхазии. В 2009 году был назначен командующим ВДВ. Открыто конфликтовал с министром Анатолием Сердюковым, который объявил Шаманову о неполном служебном соответствии.

По данным "Новой газеты", Шаманов использовал спецназ для противодействия следствию по делу своего зятя - криминального авторитета Храмушина по кличке Глыба.