Министр юстиции Александр Коновалов заявил, что закон об "иностранных агентах" противоречит духу законодательства об НКО. Как сообщил в своем твиттере депутат-эсер Илья Пономарев, таким образом Коновалов, выступая в Госдуме, ответил на упрек единороса Михаила Маркелова в том, что Минюст не применяет этот закон.

Министр отметил, что его ведомство не может выявить ни иностранное финансирование НКО, ни их участие в политике. С первым вопросом он порекомендовал депутатам обращаться в Минфин, со вторым - в суд. Если же депутаты хотят ввести репрессивные меры, сказал Коновалов, им следует полностью переписать законодательство об НКО.

Закон об НКО - "иностранных агентах" вступил в силу 21 ноября 2012 года. Любая российская НКО, отвечающая двум признакам - финансирование из-за рубежа и занятие политической деятельностью, - в обязательном порядке должна состоять в реестре некоммерческих организаций, выполняющих функции "иностранного агента". Эти НКО вносятся в специальный реестр, и для них устанавливается иной правовой режим, чем для обычных НКО. Этот режим, в частности, предусматривает особую отчетность и особые проверки. Под иностранным источником в документе понимаются все деньги, которые идут из-за рубежа - от правительств, государств, международных и иных организаций, а также от гражданских, юридических лиц и лиц без гражданства.

Принятие закона вызвало резко негативную реакцию правозащитных организаций. ПЦ "Мемориал" и движение "За права человека" заявили, что не будут отказываться от зарубежных грантов, но при этом не собираются регистрироваться в качестве "иностранных агентов". Минюст предупредил, что будет закрывать на полгода НКО, которые откажутся подчиниться новому закону об "иностранных агентах". Если нарушения не будут исправлены, к руководителям НКО будут применены и другие санкции, вплоть до уголовного преследования.

После вступления закона об "иностранных агентах" в силу правозащитная ассоциация "Агора" направила в Минюст письмо с просьбой разъяснить, относится ли она к этой категории. 9 января 2013 года ведомство ответило, что затрудняется сделать однозначный вывод на этот счет. Ответ министерства ассоциация намерена использовать при подаче жалобы в Конституционный суд.