Возглавляет Научно-исследовательский центр "Курчатовский институт", куда против воли многих уважаемых физиков, в том числе нобелевских лауреатов, по указу Дмитрия Медведева вошли Институт теоретической и экспериментальной физики, Институт физики высоких энергий и Петербургский институт ядерной физики.

Михаил Ковальчук считается одним из авторов реформы Российской академии наук - якобы он затеял ее в отместку за то, что его несколько раз не принимали в академики.