Лидер Республиканской партии России Владимир Рыжков связывает преследования партии с тем, что она "поддерживает коалицию "Другая Россия", которая вызывает очень большое раздражение в Кремле", а также с тем, что партия "не бегает в Кремль". Об этом он заявил Граням.Ру во время рассмотрения в Верховном суде вопроса о ликвидации партии. Кроме того, по мнению Рыжкова, Кремль "определил некий круг потенциально популярных политиков, которые могут вмешаться в борьбу на парламентских и президентских выборах".

С иском о ликвидации РПР обратилась Федеральная регистрационная служба, мотивируя свое требование тем, что партия не выполняет ряд норм закона о политических партиях.

По мнению Росрегистрации, РПР не в полной мере соответствует законодательству, так как численность партии по данным проверки 39 970 членов и 48 региональных отделений, но в 32 отделениях численность менее 500 членов. Между тем по закону "О политических партиях" у партии должно быть не менее 50 тысяч членов и как минимум 45 региональных отделений по 500 человек. Лидеры РПР категорически не согласны с такими цифрами.

Кроме того, в регистрационной службе не признали итоги последнего съезда партии, где было избрано руководство организации.

В ходе заседания суда состоялись выступления сторон, в которых они ознакомили суд со своими позициями.

Ранее РПР обращалась в суд с иском к Росрегистрации в связи с отказом зарегистрировать партию. В сентябре 2006 года Таганский суд Москвы отказал в удовлетворении иска Республиканской партии к Федеральной Регистрационной Службе. Руководители партии, в частности, Владимир Рыжков и Владимир Лысенко, неоднократно заявляли, что "пойдут до конца".

РПР уже подала два иска в Европейский суд по правам человека. Сначала в Страсбург направили жалобу члены новосибирского отделения, поскольку оно было ликвидировано ФРС. По словам Владимира Рыжкова: в новосибирском отделении РПР 3400 человек, а Росрегистрация их уже вычеркнула. Второй иск был подан после подтверждения судами отказа ФРС признать итоги прошлогоднего съезда партии, на котором были выбраны руководящие органы.