Здание храма Христа Спасителя, а также земля под ним принадлежит фонду, ежегодно получающему из городского бюджета сотни миллионов рублей. На территории ХХС фактически действует бизнес-центр, в котором зарегистрированы десятки компаний, при этом владельцы некоторых из них связаны родственными отношениями с руководством фонда. Сдавая в аренду площади храма, представители фонда не делают скидок никому, даже православным и благотворительным организациям, однако заранее интересуются вероисповеданием клиентов. Об этом пишут "Московские новости", которые провели собственное расследование.

Размер субсидий из городского бюджета год от года растет. В 2006 году ХХС получил от города 140 миллионов рублей, а в 2007 году – уже 170 миллионов. В 2011 году ХХС получил 217 миллионов рублей "на поддержание состояния храма", а мэр Москвы Сергей Собянин пообещал рассмотреть программу его дальнейшего финансирования.

В 2012 году из бюджета Москвы фонд должен получить уже 372 миллиона рублей. На что конкретно будут потрачены деньги и где можно найти отчеты о финансовой деятельности фонда за прошлые годы, выяснить не удалось. В городском департаменте межрегионального сотрудничества, региональной политики и связей с религиозными организациями города, который выделяет субсидию, от комментариев отказались. "Это долго, нужно поднимать бухгалтерию", - сказал замначальника департамента Константин Блаженов. Фонд отчитывается перед попечительским советом, который возглавляет патриарх Кирилл.

Выделяя бюджетные деньги ХХС, власти Москвы не нарушают Конституцию, поскольку все постройки храма Христа Спасителя и земля под ним принадлежат Москве, а не Русской православной церкви.

Всей хозяйственной частью ХХС управляет некоммерческая организация "Фонд Храма Христа Спасителя". Ее учредили в начале 2000-х годов, но фактически она существовала и ранее, правда, под другим названием. Пока храм возводили, фонд занимался сбором пожертвований на строительство и назывался "Фондом финансовой поддержки воссоздания храма Христа Спасителя". С 1994 по 2002 годы на счета этой организации поступали деньги от сотен тысяч российских граждан, и от коммерческих структур, находящихся на территории России и за рубежом. Например, банк "СБС-Агро", возглавляемый Александром Смоленским, пожертвовал для позолоты куполов 50 килограммов золота, а президент Московской межбанковской биржи Александр Захаров выделил на воссоздание Царских врат часовни храма более миллиона долларов.