Экс-офицер ФСБ Александр Литвиненко в 2006 году дал показания о возможной причастности российских спецслужб к убийству мэра Нефтеюганска Владимира Петухова. Сканы и расшифровка аффидавита - показаний, данных под присягой и должным образом заверенных, опубликованы на сайте "Открытой России". В материале говорится, что их передал Эрик Вольф - друг и партнер бывшего акционера "ЮКОСа" Леонида Невзлина.

В своем заявлении Литвиненко утверждает, что в начале июля 1998 года он, как сотрудник Управления разработки и пресечения деятельности преступных организаций ФСБ, получил задание проверить информацию о том, что мэр Нефтеюганска был убит по приказу сотрудников ФСБ Алексея Антропова и Александра Камышникова. Антропов на тот момент являляся одним из руководителей 3-го отдела УРПО, а Камышников - замначальника УРПО.

В то же время, по словам Литвиненко, он узнал, что в Управлении уголовного розыска Московской области есть видеозапись, на которой видно, как Антропов передает 40 тысяч долларов предполагаемому наемному убийце. Спустя некоторое время, утверждает Литвиненко, его начальник Александр Гусак показал ему эту запись. На ней, по словам Литвиненко, он узнал Антропова, которого знал лично еще с 1981 года.

Мэр Нефтеюганска был застрелен 26 июня 1998 года. В 2007 году суд признал виновным по этому делу бывшего сотрудника службы безопасности "ЮКОСа" Алексея Пичугина и приговорил его к пожизненному заключению. Заказчиком убийства суд назвал Леонида Невзлина, который также заочно приговорен к пожизненному заключению.

11 декабря 2015 года Следственный комитет заочно обвинил экс-главу "ЮКОСа" Михаила Ходорковского в организации убийства Петухова, а также двух покушениях на убийство управляющего компании "Ист Петролеум Хандельсгез м.б.х" Евгения Рыбина. "По итогам проделанной следствием и оперативными службами работы достоверно установлена причастность к этим убийствам и покушениям на убийство Михаила Ходорковского, сыгравшего в этом особо активную роль. Ведь ни одно важное решение в ЮКОСе не принималось без команды Ходорковского", - говорилось в сообщении СКР. По данным следствия, именно Ходорковский поручил своим подчиненным Леониду Невзлину и Пичугину ​убийство Петухова и Рыбина, "чья служебная деятельность противоречила интересам ЮКОСа".

23 декабря 2015 года Михаил Ходорковский был заочно арестован по делу об организации убийств и объявлен в международный розыск.

21 января в Лондоне судья сэр Роберт Оуэн огласил свое решение по итогам публичных слушаний по делу о гибели Литвиненко, которые проходили с января по июль 2015 года. Оуэн пришел к выводу, что Литвиненко был убит в Лондоне Андреем Луговым и Дмитрием Ковтуном. При этом, по мнению судьи, операция по убийству Литвиненко скорее всего была одобрена Владимиром Путиным и тогдашним главой спецслужбы Николаем Патрушевым.