Конституционный суд должен был признать, что постановление 1999 года предусматривало возможность назначения смертной казни в России с момента повсеместного введения судов присяжных. Таким образом, суды общей юрисдикции получили бы возможность с нового года выносить смертные приговоры. Как пишет "Коммерсант", об этом в своем особом мнении заявил судья Конституционного суда Юрий Рудкин, не согласившийся с решением о продлении моратория.

Рудкин 19 ноября проголосовал против определения КС о невозможности применения смертной казни с 1 января 2010 года, когда в России начнут повсеместно действовать суды присяжных. Из-за отсутствия таких судов в ряде регионов КС в 1999 году ввел мораторий на смертные приговоры, указав, что по Конституции обвиняемым должна быть обеспечена возможность рассмотрения их дел c участием присяжных. Несмотря на исполнение этого условия, КС по ходатайству Верховного суда разъяснил, что мораторий продолжается, поскольку в России "происходит необратимый процесс, направленный на отмену смертной казни", с учетом международных обязательств по исполнению подписанного в 1997 году, но нератифицированного протокола номер шесть к Европейской конвенции. C этим решением не согласились трое судей КС, однако только Юрий Рудкин выступил с особым мнением, официально изложив свою правовую позицию.

Как указывает Рудкин, по закону Конституционный суд мог разъяснять свое постановление 1999 года только "в рамках предмета этого решения и лишь по тем требующим дополнительного истолкования вопросам, которые были предметом рассмотрения в судебном заседании". Отвечая на вопрос о возможности назначения смертной казни в постановлении 1999 года, КС, по мнению Рудкина, "исходил только лишь из необходимости обеспечения гражданам равного права на рассмотрение их дел судом с участием присяжных заседателей на всей территории РФ". Конституционность самой высшей меры и норм, предусматривающих ее применение, в деле 1999 года не оспаривалась и судом не рассматривалась.

Что касается вопроса о международных обязательствах России, он, по мнению Рудкина, не мог быть разъяснен в рамках данного дела, поскольку в 1999 году не исследовался. Поэтому Рудкин считает, что КС должен был отказать ВС в ходатайстве о разъяснении, а не подменять своим решением законодательный акт. Как пояснил Рудкин, в таком случае всем стало бы ясно, что "вопрос об отмене смертной казни остается в подвешенном состоянии до момента, пока Госдума определится с ратификацией протокола". Возможно, полагает судья, это ускорило бы решение вопроса о ратификации. При этом даже в случае вынесения смертных приговоров у президента оставалась бы возможность помилования, которая использовалась в течение трех лет с момента вступления России в Совет Европы до введения моратория КС.