Эксперты Совета по правам человека, готовившие доклад по второму делу Михаила Ходорковского и Платона Лебедева, подверглись преследованиям. Об этом сообщает Интерфакс со ссылкой на члена СПЧ, бывшую судью Конституционного Суда Тамару Морщакову. "Как минимум двое из экспертов уже подверглись разным видам преследования: один - в служебном порядке, другой - в порядке уголовного судопроизводства", — заявила Морщакова на пресс-конференции "Новые инициативы президентского Совета по правам человека".

По словам Морщаковой, следователи обвиняют сотрудников Центра правовых и экономических исследований в том, что они "готовили общественные экспертизы для того, чтобы незаконно повлиять на процедуры осуществления правосудия". Она сообщила, что у ряда экспертов были проведены обыски. "Обвинение безумное, вымышленное, тем более, этот центр никогда не занимался проведением никаких экспертиз, а издает монографии", - констатировала Морщакова. При этом, по ее словам, "такое отношение ставит под сомнение вообще деятельность СПЧ по анализу, обсуждению ситуации и по разработке рекомендаций".

В апреле 2012 официальный представитель СКР Владимир Маркин заявил, что Ходорковский финансировал общественные организации, представители которых стали участниками рабочей группы президентского совета по правам человека по экспертизе второго дела "ЮКОСа". "В материалах дела "ЮКОСа" платежи, о которых идет речь, действительно фигурируют", - заявил Маркин.

Правозащитники опровергли обвинения СКР. "Что касается рабочей группы президентского совета по правам человека по экспертизе "дела ЮКОСа", то в него вошли три члена совета: Тамара Морщакова, Мара Полякова и Валентин Гефтер в качестве ответственного секретаря, - пояснила тогда "Граням" глава Московской Хельсинкской группы Людмила Алексеева. - Самих экспертов президентский совет приглашал со стороны. В экспертной группе были юристы, экономисты, специалисты по финансам и нефти и так далее. Это были девять человек из России и из-за рубежа. Ни один из них не был членом совета, и каждый был узким специалистом в своей области".

Член правления "Открытой России" экономист Ирина Ясина тогда заявила, что нет никакого секрета в том, что "Открытая Россия" в начале 2000-х годов финансировала правозащитные организации. Также Ясина сказала, что экспертный доклад по второму "делу ЮКОСа" подписан в том числе и независимыми западными юристами.

Опровержение дал и глава президентского совета по правам человека Михаил Федотов. "Попытка таким образом скомпрометировать результаты общественно-правовой экспертизы мне кажется, мягко говоря, попыткой с негодными средствами", - сказал он.

В ноябре 2011 года президентский совет по правам человека завершил экспертизу по второму делу Ходорковского и Лебедева, 27 декабря глава совета передал ее результаты президенту. Совет проводил общественную правовую экспертизу по поручению главы государства. Предметом экспертизы стал только официальный текст приговора суда по делу Ходорковского и официальный текст протокола судебного заседания.