НК "ЮКОС" направила в Министерство по налогам и сборам возражения на предъявленный компании 29 декабря 2003 года акт налоговой проверки. В акте МНС "ЮКОС" обвинялся в создании незаконной схемы минимизации налоговых платежей и ему были предъявлены налоговые претензии на сумму около ста миллиардов рублей. Как говорится в пресс-релизе "ЮКОСа", в направленных в МНС возражениях на акт содержится требование компании вынести решение об отказе в привлечении компании к ответственности за совершение налогового правонарушения без начисления налогов и пени.

Как говорится в сообщении пресс-службы, данное требование основано на том, что изложенные в акте выводы противоречат Конституции России, правовым позициям Конституционного суда России, а также многочисленным положениям Налогового кодекса. Кроме того, по мнению "ЮКОСа", акт проверки МНС имеет откровенно тенденциозный, обвинительный характер. При проведении проверки Министерством по налогам и сборам были допущены многочисленные процессуальные нарушения, считают в "ЮКОСе". Так, компании не была предоставлена возможность ознакомиться с документами, ссылки на которые были положены проверяющими в основу выдвинутых обвинений, к акту не приложены материалы встречных проверок якобы "зависимых" от "ЮКОСа" компаний, допущены грубые нарушения налоговой тайны. Кроме того, указанные проверяющими штрафы не могут быть применены к "ЮКОСу" в силу истечения срока давности привлечения к налоговой ответственности.