Бывший полковник ФСБ обвиняется в разглашении сведений, составляющих государственную тайну. Также ему было предъявлено обвинение в незаконном хранении оружия. Правозащитники считают, что улики, на основании которых Трепашкин был арестован, сфабрикованы, и что истинной причиной его задержания была попытка помешать ему выступить в качестве адвоката на судебном разбирательстве по поводу взрывов жилых домов в Москве в 1999 году.